kaynağı değiştir]
NATO'nun birliği ilk yıllarında, Charles de Gaulle'ün Fransa Cumhurbaşkanı olduğu dönemde ortaya çıkan bir kriz ile bozuldu.[34] De Gaulle, ABD'nin örgütteki güçlü rolünü ve kendi algısıyla bu ülke ile Birleşik Krallık arasındaki özel ilişkiyi protesto etti. ABD Başkanı Dwight D. Eisenhower ile Birleşik Krallık Başbakanı Harold Macmillan'a 17 Eylül 1958'de gönderdiği bir memorandumda, Fransa'yı ABD ve Birleşik Krallık ile eşit bir temele oturtacak üçlü bir yapı oluşturulmasını önerdi. Memorandumuna aldığı yanıtı yetersiz bulan de Gaulle, ülkesi için bağımsız bir savunma gücü kurmaya başladı. Batı Almanya'ya yapılacak bir Doğu Alman akını durumunda Fransa'ya daha büyük bir NATO-Varşova Paktı savaşının içine çekilmek yerine Doğu Bloku ile ayrı bir barış yapma seçeneği vermek istedi.[36] Şubat 1959'da Fransa, Akdeniz'deki filosunu NATO komutasından aldı. De Gaulle daha sonra yabancılara ait nükleer silahların Fransa topraklarında konuşlandırılmasını yasakladı. Bunun sonucunda ABD, iki yüz askerî hava aracını Fransa dışına çıkarmak ve 1950'den beri kullandığı Fransa'daki hava üslerini 1967'de Fransızlara vermek zorunda kaldı.[38]
Fransa'nın 1962'deki Küba füze krizi sırasında NATO'nun geri kalanı ile dayanışma göstermesine rağmen de Gaulle, Fransa'nın Atlas Okyanusu ve Manş Denizi'ndeki filolarını NATO komutasından alarak bağımsız savunma işini devam ettirdi. 1966'da Fransa'nın tüm silahlı kuvvetleri NATO'nun bütünleşik askerî komutasından çekildi ve Fransız olmayan tüm NATO askerlerinin Fransa'dan ayrılması istendi. ABD Dışişleri Bakanı Dean Rusk, daha sonraları yaptığı açıklamada de Gaulle'e, açıklamasının "Fransa'daki mezarlıklarda yatan ABD askerlerini" kapsayıp kapsamadığını sordu. Bu çekilme 16 Ekim 1967'de Avrupa Müttefik Kuvvetleri Yüksek Karargâhı'nın Paris yakınlarındaki Rocquencourt'dan Belçika'da Mons'un kuzeyinde yer alan Casteau'ya taşınmasına yol açtı.[41] Fransa ittifakın bir üyesi olarak kalmaya devam etti ve Almanya Federal Cumhuriyeti'nde konuşlandırılmış kuvvetleri ile Soğuk Savaş boyunca olası Varşova Paktı saldırılarına karşı Avrupa savunmasına katkı sağladı. ABD ile Fransa arasında yapılan ve Lemnitzer-Ailleret Anlaşmaları olarak bilinen gizli anlaşmalar, Doğu-Batı çatışmalarının patlak vermesi hâlinde Fransız güçlerinin NATO'nun komuta yapısına nasıl geri alınacağını ayrıntılı olarak düzenlemekteydi.[42]
Fransa, örgütün bütünleşik askerî komutasına yeniden tam katılım sağlayacağını 2009 Strazburg-Kehl zirvesinde duyurdu.[43]
Soğuk Savaş sırasında NATO tarafından hiçbir askerî operasyon gerçekleştirilmedi. Soğuk Savaş sona erdikten sonra ilk operasyonlar 1990 ve 1991'de, Irak'ın Kuveyt'i işgali nedeniyle yapıldı. Havadan erken uyarı özellikli uçaklar Türkiye'nin güneydoğusuna gönderildi ve kısa süre sonra bölgeye birlikler sevk edildi.[79]