Gen Nükleotit Kromozom Dna Sıralaması
ATC-3' dizisini tanır ve dik çizgi ile gösterilen noktada onu keser. Doğada bu enzimler, restriksiyon modifikasyon sisteminin bir parçası olarak, hücrenin içine giren faj DNA'sını sindirerek bakterilerifajlara karşı korumaya yararlar.[77] Teknolojide bu enzimler moleküler klonlama ve DNA parmakizlemesi için kullanılır.
DNA ligaz enzimleri kesilmiş veya kırık DNA ipliklerini birleştirir.[78] Ligazlar özellikle gecikmeli iplik DNA ikileşmesinde önemli bir rol oynarlar; çünkü replikasyon çatalında meydana gelen kısa DNA parçalarını birleştirirler. Ayrıca DNA tamiri ve genetik rekombinasyonda kullanılırlar.
Topoizomeraz ve helikazlar[değiştir kaynağı değiştir]
Nükleik asit polimerazları, nükleozit trifosfatlardan polinükleotit zincirler sentezleyen enzimlerdir. Ürettikleri ürünler var olan polinükleotit zincirlerinin (bunlara kalıp denir) kopyalarıdır. Bu enzimler, bir DNA zincirindeki en son nükleotitin 3' hidroksil grubuna yeni bir nükleotit ekleyerek çalışır. Dolayısıyla tüm polimerazlar 5' - 3' doğrultusunda ilerler.[81] Bu enzimlerin aktif bölgesinde, gelen nükleozit trifosfat kalıp ile baz eşleşmesi yapar; bu sayede polimeraz, kalıba komplementer bir ipliği doğru bir şekilde sentezleyebilir. Polimerazlar kullandıkları kalıbın tipine göre sınıflandırılır.
DNA ikileşmesinde, DNA-bağımlısı DNA polimeraz, bir DNA dizisinin kopyasını yapar. Bu süreçte hata olmaması hayatî önem taşıdığı için bu tip polimerazlarının çoğunda prova okuma aktivitesi bulunur. Bunlarda, sentez reaksiyonunda meydana gelen ender hatalar, baz eşleşmesinin doğru olmamasıyla anlaşılır. Eğer bir uyumsuzluk algılanırsa, 3'-5' yönünde çalışan bir eksonükleaz aktivitesi etkinleştirilir ve hatalı baz çıkartılır.[82] Çoğu canlıda DNA polimerazlar replizom olarak adlandırılan ve yardımcı alt birimler (DNA kıskacı ve helikazlar gibi) içeren büyük bir kompleks içinde yer alır.[83]
RNA-bağımlısı DNA polimerazlar RNA ipliğinde bulunan diziyi DNA olarak kopyalayan özel bir polimeraz sınıfıdır. Ters transkiptazlar bu sınıfa dâhildir, bunlar viral enzimler olup hücrelerin retrovirüsler tarafından enfeksiyonunda yer alırlar. Telomerazlar da bu sınıfa dâhildir, bunlar da telomerlerin ikilenmesi için gereklidir.[32][84] Telomerazı diğer bu tip enzimlerden farklı kılan bir özelliği, kullandığı RNA kalıbının kendi yapısının bir parçası olmasıdır.[33]
Transkripsiyon, DNA-bağımlısı RNA polimeraz tarafından gerçekleştirilir, bu enzim DNA ipliğindeki diziyi RNA olarak kopyalar. Bir genin transkripsiyonu için RNA polimeraz, DNA üzerinde promotör adlı bir bölgeye bağlanır ve DNA ipliklerini ayrıştırır. Sonra genin dizisini bir RNA zinciri olarak kopyalar, ta ki terminatör (sonlayıcı, İng. 'terminator') adlı bir DNA bölgesine gelip orada durup DNA'dan kopana kadar. DNA bağımlı DNA polimerazda olduğu gibi, RNA polimeraz II (ökaryotlardaki çoğu genin transkripsiyonun yapan enzim) de çeşitli düzenleyici ve yardımcı proteinlerden oluşmuş büyük bir protein kompleksinin parçası olarak çalışır.[85]
Genetik Rekombinasyon[değiştir kaynağı değiştir]
Topoizomerazlar hem nükleaz hem de ligaz etkinliğine sahiptir. Bu proteinler DNA'daki süper burulma derecesini değiştirirler. Bu enzimlerin bazıları DNA sarmalının bir ipliğini kesip bunun öbürü etrafında dönmesini sağlar, sonra da DNA'daki kesiği tekrar birleştirir.[23] Bu enzimlerin diğerleri ise DNA sarmalının bir ipliğini kesip öbür ipliğin bu kesiğin içinden kesmesini sağlarlar, sonra kesiği tekrar birleştirirler.[79] Topoizomerazlar DNA'yla ilgili pek çok süreçte yer alırlar, DNA ikileşmesi ve transkripsiyonu gibi.[24]
Helikazlarmoleküler motor özellikli proteinlerdir. Nükleozit trifosfatlarda, özellikle ATP'de taşınan kimyasal enerjiyi kullanıp bazlar arasındaki hidrojen bağlarını kırarlar ve DNA çifte sarmalını ters yönde burarak onu tek iplikler halinde açarlar.[80] Bu enzimler DNA bazlarına erişmeye gerek duyan enzimlerin bulunduğu süreçlerde gereklidir.
Polimerazlar[değiştir Bu sıralamayı anlamak hücre çekirdeÄŸini anlamanın en önemli adımıdır. Hücrede yer alan temel yönetici molekül olan DNA nükleotitlerden oluÅŸmuÅŸtur. DNA'yı bir zincire benzetirsek o zincirin her bir halkası da nükleotit olacaktır. Bu nedenle bu sıralamada en küçük nükleotittir.
Nükleotitler bir araya gelerek uzun DNA zincirini oluÅŸtururlar. DNA zincirinde hücre ile alakalı birçok bilgi bulunur. ÖrneÄŸin bir kısım burnumuzun özelliklerini anlatırken bir kısım boyumuzu anlatır. Ä°ÅŸte DNA üzerindeki bu bilgi kesitlerine gen denir. Yani DNA üzerinde birden çok gen bulunur. Birçok zinciri birleÅŸtirip tek zinciri oluÅŸturduÄŸumuz zaman tek zincir DNA, o zincirlerden her biri de gendir.
Kromozom ise DNA'nın katlanarak oluÅŸturduÄŸu en büyük yapıdır. Kromozomlar DNA'dan oluÅŸmuÅŸtur. ÖrneÄŸin insanda 46 kromozom vardır. Bütün DNA'mız bu 46 kromozomda toplanmıştır.
Bu durumda sıralama nükleotit < gen < DNA < kromozom ÅŸeklinde olacaktır.
nest...
Bu sıralamayı anlamak hücre çekirdeÄŸini anlamanın en önemli adımıdır. Hücrede yer alan temel yönetici molekül olan DNA nükleotitlerden oluÅŸmuÅŸtur. DNA'yı bir zincire benzetirsek o zincirin her bir halkası da nükleotit olacaktır. Bu nedenle bu sıralamada en küçük nükleotittir.
Nükleotitler bir araya gelerek uzun DNA zincirini oluÅŸtururlar. DNA zincirinde hücre ile alakalı birçok bilgi bulunur. ÖrneÄŸin bir kısım burnumuzun özelliklerini anlatırken bir kısım boyumuzu anlatır. Ä°ÅŸte DNA üzerindeki bu bilgi kesitlerine gen denir. Yani DNA üzerinde birden çok gen bulunur. Birçok zinciri birleÅŸtirip tek zinciri oluÅŸturduÄŸumuz zaman tek zincir DNA, o zincirlerden her biri de gendir.
Kromozom ise DNA'nın katlanarak oluÅŸturduÄŸu en büyük yapıdır. Kromozomlar DNA'dan oluÅŸmuÅŸtur. ÖrneÄŸin insanda 46 kromozom vardır. Bütün DNA'mız bu 46 kromozomda toplanmıştır.
Bu durumda sıralama nükleotit < gen < DNA < kromozom ÅŸeklinde olacaktır.