Bağlı Genler
Bağlı ve Bağımsız Genler, Gamet Hesaplama
KALITIM #3
BAĞLI ve BAĞIMSIZ GENLER, GAMET HESAPLAMA
Bağlı ve Bağımsız Genler, Gamet Hesaplama;
BAĞIMSIZ GEN
→ Alel genlerin farklı kromozomlar üzerinde bulunmasıdır.
BAĞLI GEN
→ İki ya da daha fazla gen aynı kromozom üzerinde bulunuyorsa buna bağlı gen denir.
→ Bağlı genler gametlere birlikte giderler. Ancak crossing over ile birbirinden ayrılırlar.
→ Genler arasındaki uzaklık ne kadar fazla ise crossing over gerçekleşme ihtimali de o kadar fazla olur. “Örnek 3’e bakalım”
→ Crossing over yoksa; bağlı genleri taşıyan homolog kromozomlar üzerinde birden fazla heterozigot alel çifti olsa bile, gamet çeşidi hesaplarken bir heterozigot alel çifti varmış gibi düşünmeliyiz. “Örnek 1’e bakalım”
ÖRNEK 1
Crossing Over Olmadığında;
(detaylar ve örnekler videoda)
ÖRNEK 2
Crossing over var ise; gamet çeşidi hesaplanırken bağımsız genlerde olduğu gibi tüm heterozigotlar sayılır.
ÖRNEK 3
X, R, T, S bağlı genler olup bu genler arasındaki crossing over %’leri şöyledir.
X – T = %50
T – S = %50
X – R = %20
R – T = %30
verilen genlerin kromozom üzerindeki sıralanışı nasıl olmalıdır?
(detaylar ve örnekler videoda)
ÖRNEK 4
(detaylar ve örnekler videoda)
ÖRNEK 5
AABbccDd genotipli canlının AbcD genotipli gamet oluşturma olasılığı kaçtır?
AABbccDd (heterozigot sayısı 2’dir.)
Gamet çeşidi = 2n ⇒ 22 = 4’tür.
Oluşan 4 gametten biri AbcD genotipine sahip gamettir. Dolayısıyla bu gametin oluşma olasılığı 1/4&#;tür.
(detaylar ve örnekler videoda)
Bağlı ve Bağımsız Genler, Gamet Hesaplama konusundan sonraki konu Kontrol Çaprazlaması, Eş Baskınlık, Eksik Baskınlık dır.
Youtube deki Bağlı ve Bağımsız Genler, Gamet Hesaplamavideoma buradan gidebilirsiniz.
LOD skor (İngilizcelogarithm of odds, göreceli risk oranları (10 tabanlı) logaritması, matematikçilerce logit olarak da adlandırılır) insan, hayvan ve bitki popülasyonlarında bağlantı analizi yapmak için kullanılan bir istatistik testtir. Bu test Newton E. Morton tarafından geliştirilmiştir Bilgisayarlı LOD skor analizi, Mendeliyen özellikler (veya bir özellikle bir belirteç, veya iki belirteç) arasında bağlantının belirlenmesi için karmaşık soyağaçlarının (pedigrelerinin) analizini kolaylaştırır.
Bu yöntem kısaca şöyle çalışır[1]:
- Bir soyağacı oluşturulur
- Rekombinasyon sıklığı çeşitli noktalar için hesaplanır
- Her nokta için bir LOK skoru hesaplanır
- En yüksek LOD skoruna sahip nokta bağlantı olasılığının en yüksek olduğu yer sayılır
LOD skoru şöyle hesaplanır:
NR rekombinasyon yapmamış (non-rekombianant) döllerin (çocukların) sayısıdır, R ise rekombinasyon yapmış olanların. θ, rekombinasyon sıklığıdır. Paydada vardır çünkü, tamamen bağlantısız alellerin (yani farklı kromozomlarda bulunan alellerin) rekombinasyon oranı %50'dir, bağımsız tertiplenmelerinden (bir araya gelmelerinden) dolayı.
Uygulamada, LOD skorları tablolardan bakılır. Bu tablolar çeşitli standart aile ağaçları ve çeşitli rekombinasyon sıklıkları için LOD skorlarını listelerler.
Konvansiyon gereği, 3,0'dan büyük bir LOD skoru, bağlantı olduğuna dair kanıt sayılır. (3,0'lık bir skor, eğer iki lokus bağlantılı değillerse bu aile ağacının gözlemlenmesi olasılığının olduğu anlamına gelir.) Öte yandan, -2,0'dan küçük bir skor, bağlantı olmadığına dair kanıt olarak kabul edilir. Tek bir soyağacından 3 LOD skor elde etmenin olasılığı çok düşük olsa da, bu testin matematiksel özellikleri gereği, LOD skorlarını toplayarak birden çok soyağacından elde edilmiş verileri birleştirmek mümkündür.